โรคในพืชเป็นปัญหากวนใจเกษตรกรไม่มีวันหยุดพัก โดยเฉพาะโรคที่มาจากศัตรูพืช ที่พร้อมบุกสวนพริกอย่างโรคกุ้งแห้ง และแมลงวันพริก โรคกุ้งแห้ง หรือ แอนแทรคโนส (Anthracnose Disease) เป็นโรคที่เกิดจากเชื้อราแพร่กระจายไปกับลม น้ำฝน หรือน้ำที่ใช้ในการรด สามารถอยู่ข้ามฤดูได้ โดยมีอาการเป็นลักษณะวงกลมช้ำสีน้ำตาล กินลึงลงไปในเนื้อผิวของผลผลิต แพร่กระจายเป็นวงกว้าง ทำให้พริกเน่าและล่วงก่อนกำหนด สำหรับวิธีการป้องกัน ทำง่ายๆ เพียง เลือกใช้เมล็ดพันธุ์ที่ปลอดโรค หรือแช่เมล็ดพันธุ์ในน้ำอุ่ม 50-52 องศา นาน 30 นาที หรือแช่ด้วยเชื้อจุลินทรีย์ปฏิปักษ์ ลดความชื้น ทำให้แสงแดดส่องทั่วถึง ใช้เชื้อจุลินทรีย์ในการป้องกันในระยะติดผลถึงก่อนเก็บเกี่ยว ทุก 7-10 วัน หากพบการระบาดเพียงเล็กน้อยให้ทำลายทิ้ง เพื่อลดปริมาณของเชื้อโรค สำหรับ แมลงวันพริก (Solanum Fruit Fly) มีชื่อทางวิทยาศาสตร์ Bactrocera latifrons (Hendel) เป็นแมลงวันที่มีขนาดตัวเต็มวัย เพศเมียวางไข่ในผลพริกระยะใกล้เปลี่ยนสี ไปจนถึงกระทั่งผลสุก และหนอกกัดกินชอนไชอยู่ภายใน ทำให้ผลพริกเน่า และร่วงหล่น หากหนอนโตเต็มวัยจะเข้าไปทำลายผลพริก มีลักษณะรูหรือรอยเจาะอย่